A történet Kudou Shinichiről szól elsősorban, egy gimnazista detektívről, aki gyakran segít a rendőrségnek megoldani nehezebb ügyeket. Az első részben brilliánsan megold egy újabb ügyet, utána azonban követni kezd egy gyanús, fekete ruhás férfit, majd szemtanúja lesz egy zsarolásnak. Ekkor ütik le hátulról, ugyanis nem vette észre a férfi társát. A két bűnözőnek nincs más választása, meg kell szabadulniuk Shinichitől, ezért egy újonnan kifejlesztett mérget adnak be neki, majd sorsára hagyják. Ezt a szert azonban embereken nem próbálták még ki, Shinichi volt az első, és a méreg nem is ölte meg... Teste azonban összezsugorodott, hangja is megváltozott, ismét 8 éves kisgyerek lett, csak elméje maradt meg a régi. Innentől kezdve világos a feladata, el kell fognia a fekete ruhásokat, és el kell vennie tőlük a mérget, hogy ellenszerhez juthasson. Ebben lesz segítségére szomszédja és barátja, Agasa professzor, eleinte csak ő tud Shinichi titkáról, és az ő tanácsára rejti el Shinichi valódi kilétét, mert ha kitudódna, hogy még életben van, akkor minden ismerőse és rokona veszélybe kerülne.

Éppen ezért még osztálytársának (egyben gyerekkori barátjának) Mouri Rannak sem árul el semmit, álcaként felveszi apja szemüvegét, és könyvespolcukon álló könyveikről hirtelen eszébe jut egy név, Edogawa Conan. Ran apja egyébként magánnyomozó, ám nem a legügyesebb, Shinichi mégis könnyen hozzájuthatna rendőrségi információkhoz, és a bűnözők nyomára akadhat, ezért Agasa professzor megkéri Rant, hogy hadd lakjon náluk Conan egy időre, mert szülei épp kórházban vannak egy baleset miatt.

Conan tehát a Mouri Nyomozóirodánál fog innentől lakni, és próbálja Ran apját híressé tenni, mert jelenleg nem sok ügyet bíznak rá. Itt használja fel a professzortól kapott eszközeit, karórájával kábító lövedéket tud kilőni, így elaltathatja a nyomozót, és csokornyakkendőjébe rejtett hangváltoztató szerkezetével Kogoro hangján fel tudja már deríteni az ügyeket mások számára is...